비영리(공익)법인의 법인세 및 과세특례

작성자 : 재산세팀    작성일시 : 작성일2023-11-15 17:34:06    조회 : 589회   

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비영리(공익)법인도 법인세신고를 해야한다는 점 알고계신가요?

오늘은 비영리 공익법인이 알아야하는 법인세 신고와 과세특례에 대해 알아보도록 하겠습니다.










법인세 신고 및 납부

1) 법인세 신고기한

  • 중간예납(8월 말일까지) : 01.01 ~ 06.30 동안의 실적

  • 확정신고(다음해 3월말까지) : 01.01 ~ 12.31 동안의 실적(중간예납세액은 공제됨)


2) 비영리법인의 과세특례

영리법인과의 차이점은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없으며 그 외 다음과 같은 과세특례가 적용된다는 것입니다.


* 고유목적사업준비금의 손금산입

비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음에 해당하는 금액의 합계액 범위 안에서 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있습니다.


* 이자소득에 대한 선택적 분리과세

비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있습니다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능함)은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결됩니다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있습니다.

법인세법에서는 이자소득에 대해 고유목적사업준비금 전액을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있지만 원천징수방법을 선택할 경우 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외되어 이자소득을 지급받을 때 원천징수된 법인세를 공제받을 수 없습니다. 또한 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함 시킬 수 없으므로 이자소득에 대해 원천징수된 법인세가 있는 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 비영리법인의 경우 고유목적사업준비금을 적립하는 법인세 신고·납부 방법을 선택해야 원천징수된 법인세를 공제받을 수 있습니다.


* 자산양도소득에 대한 과세특례

① 개요

법인세법 제4조 제3항 제1호에 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 다음 중 어느 하나에 해당하는 양도소득에 한하여 선택에 따라 각 사업연도 소득에 포함하여 법인세를 신고·납부하는 대신 소득세법의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고·납부할 수 있습니다.

  • ㉠ 소득세법 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등 : 대주주의 상장주식과 장외거래 상장주식, 비상장주식 등(2024년 12월 31일까지 양도분에 한함)

  • ㉡ 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

  • ㉢ 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 : 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권, 등기된 부동산임차권, 영업권, 이용권, 회원권 등

이처럼 법인세의 과세표준 신고를 하지 않은 소득은 이를 각 사업연도의 소득에 포함하지 않으며, 소득세법에 따라 가중된 세율을 적용하는 때에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례의 규정을 적용하지 않습니다.


② 과세표준과 세액계산

  • 과세표준 = 양도가액 - 취득가액 - 자본적지출액 - 양도비 - 장기보유특별공제 - 양도소득기본공제

  • 산출세액 = 과세표준 x 양도소득세의 세율


③ 제도의 취지

사업소득이 없는 비영리법인은 부동산 등 양도소득에 대하여 일반법인세를 납부하는 방법과 일반법인세 대신 양도소득세와 사실상 동일한 특례법인세를 납부하는 방법 중 한 가지를 자유롭게 선택할 수 있도록 한 것입니다.


④ 납세절차

특례법인세의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 일반법인세 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 일반법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수합니다. 이 경우 일반법인세에 관한 무기장가산세의 규정도 준용합니다. 이렇게 계산한 세금에 대하여는 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부도 하여야 하며, 예정신고를 한 경우에는 특례법인세의 과세표준 신고를 한 것으로 봅니다. 다만, 해당 사업연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 소득세법상 예정신고를 하였더라도 특례법인세의 과세표준 신고를 하여야 합니다.


* 당기순이익 과세특례

① 개요

다음 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 같은 법 제55조의 규정에 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 법인세법 제24조의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 9%(해당금액이 20억원을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 12%)의 세율을 적용하여 과세합니다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니합니다.

  • ㉠ 신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합 및 새마을금고법에 따라 설립된 새마을금고

  • ㉡ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인

  • ㉢ 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

  • ㉣ 중소기업협동조합법에 따라 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회

  • ㉤ 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

  • ㉥ 엽연초생산협동조합법에 따라 설립된 엽연초생산협동조합

  • ㉦ 소비자생활협동조합법에 따라 설립된 소비자생활협동조합

조합법인 등이 수익사업부문의 소득에 대하여 당기순이익과세방법을 선택한 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없으며, 이처럼 낮은 세율을 적용하는 대신에 조세특례제한법상의 대부분의 조세혜택을 적용하지 않습니다.


② 과세표준과 세액계산

과세표준 = 법인세차감전순이익 + 기부금의 손금불산입액 + 기업업무추진비의 손금불산입액 + 대통령령이 정하는 손금불산입액

산출세액 = 과세표준 = 9%(20억 초과분은 12%)

기부금손금불산입액을 계산함에 있어 법인세법상 전기 기부금한도초과액의 이월공제 규정은 적용되지 않습니다.

③ 결산재무제표상 당기순이익의 범위(조특법 기본통칙 72-0…1)

  • ㉠ 조세특례제한법 제72조 제1항에서 결산재무제표상 당기순이익이라 함은 법인세법 시행령 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익을 말합니다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 합니다.

  • ㉡ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인 등이 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 이를 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익에 가산합니다.

  • ㉢ 제1항의 규정에 의한 과세표준에는 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산의 처분익을 포함합니다.

  • ㉣ 기업회계기준상 당기순손익을 과소계상한 조합법인이 그 다음사업연도 결산시 당해 과소계상상당액을 전기오류수정손익으로 이익잉여금처분계산서에 계상한 경우 법인세 과세표준계산은 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 통해 과소계상한 사업연도의 과세표준을 조정하여야 합니다.







법인세 신고시 필요서류

법인세 과세표준과 세액의 신고의무는 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용해야 하며, 다음의 서류를 첨부하여야 합니다.


1) 사업소득이 있는 비영리법인

① 법인세과세표준 및 세액신고서

② 법인세과세표준 및 세액조정계산서

③ 원천납부세액명세서(갑),(을)

④ 소득금액조정합계표

⑤ 과목별 소득금액조정명세서

⑥ 소득구분계산서

⑦ 자본금과 적립금조정명세서(갑),(을)

⑧ 중소기업기준검토표

⑨ 비영리법인의 수익사업수입명세서

⑩ 고유목적사업준비금조정명세서

⑪ 기타 세무조정부속서류



2) 이자소득만 있는 비영리법인

① 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세·농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서(법인칙 별지 56호 서식)

② 고유목적사업준비금 조정명세서[법인칙 별지 27호 서식(갑)(을)]

③ 원천납부세액명세서[법인칙 별지 제10호 서식(갑)(을)] 내지 농어촌특별세과세대상감면세액합계표(법인칙 별지 제13호 서식)







공익법인 신고는 아무나 하지 못합니다.

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